Vous devrez rendre tout ce qui est explicitement demandé déjà (les tests qui fonctionnent, que ce soit dans un dossier à part ou non, mais ça me semble logique que tout ce qui est avant le graphisme soit à part).
Après quand vous modifiez le code et que vous jugez que ce qui était avant mérite d'être conservé (dans ton cas), vous pouvez garder une archive du fichier et l'indiquer clairement (dans un dossier à part si vous voulez ou dans un sous-dossier). Sinon vous pouvez rendre un dossier complet pour chaque étape que vous souhaitez nous montrer, mais ça risque d'être assez lourd et plus difficile à corriger pour nous (dans ton cas je dirais juste que tu peux garder l'ancien fichier de côté, si nécessaire tu peux ajouter un petit texte explicatif en .txt avec (si dans le même sous-dossier)).
Pour ceux qui sont dans le même cas, ne vous alarmez pas ce n'est clairement pas très important (si c'est juste la fonction qui n'est plus sinus).
C'est possible que le professeur corrige ce que je dis, mais ayant déjà fait le projet avant vous je sais qu'il y a beaucoup de possibilités.